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MONAI成像框架快速投入生產(chǎn),加速醫(yī)療健康領(lǐng)域的AI應(yīng)用

2020-12-04
來源:與非網(wǎng)

  MONAI(Medical Open Network for AI)是針對(duì)醫(yī)療健康領(lǐng)域進(jìn)行優(yōu)化的開源框架。即將發(fā)布的 NVIDIA Clara 應(yīng)用框架現(xiàn)已投入生產(chǎn),用于醫(yī)療健康和生命科學(xué)領(lǐng)域的 AI 應(yīng)用。

  MONAI 于 4 月推出,現(xiàn)已被領(lǐng)先的醫(yī)療健康研究機(jī)構(gòu)采用。它是一個(gè)基于 PyTorch 的框架,可通過行業(yè)特定的數(shù)據(jù)處理、高性能訓(xùn)練工作流程、先進(jìn)的可復(fù)現(xiàn)參考實(shí)現(xiàn),使 AI 能夠用于醫(yī)療成像的開發(fā)。

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  作為更新版 Clara 產(chǎn)品的一部分,MONAI 將提供 20 多種預(yù)訓(xùn)練模型,包括最近為 COVID-19 開發(fā)的模型,以及針對(duì) NVIDIA DGX A100 GPU 的最新訓(xùn)練優(yōu)化。該優(yōu)化可將訓(xùn)練速度提高六倍。

  麻省總醫(yī)院 Athinoula A. Martinos 生物醫(yī)學(xué)成像中心 QTIM 實(shí)驗(yàn)室主任 Jayashree Kalpathy-Cramer 博士表示:“MONAI 正在成為醫(yī)療健康領(lǐng)域的 PyTorch,為數(shù)據(jù)科學(xué)家和臨床醫(yī)生之間更緊密的合作鋪平了道路。借助聯(lián)邦學(xué)習(xí),MONAI 在全球范圍內(nèi)的采用促進(jìn)了全球合作。”

  MONAI 在醫(yī)療生態(tài)系統(tǒng)中被廣泛采用。德國(guó)癌癥研究中心、倫敦國(guó)王學(xué)院、麻省總醫(yī)院、斯坦福大學(xué)和范德堡大學(xué)都在使用這一 AI 成像框架。MONAI 被應(yīng)用在從行業(yè)領(lǐng)先的成像競(jìng)賽,到 9 月舉行的首個(gè)針對(duì)該框架的新手訓(xùn)練營(yíng)的各個(gè)方面。該新手訓(xùn)練營(yíng)吸引了來自 40 個(gè)國(guó)家的 550 多人注冊(cè)參與,其中包括大學(xué)本科生。

  范德堡大學(xué)的 Bennett Landman 博士表示:“MONAI 已迅速成為了醫(yī)療健康領(lǐng)域首選的深度學(xué)習(xí)框架。從研究走向生產(chǎn)的這一步,對(duì) AI 應(yīng)用在臨床護(hù)理中的落地來說至關(guān)重要。NVIDIA 致力于社區(qū)驅(qū)動(dòng)型科學(xué)研究,讓學(xué)術(shù)界能夠?yàn)榭捎糜谏a(chǎn)的框架做出貢獻(xiàn)。這將有助于進(jìn)一步創(chuàng)新,以構(gòu)建企業(yè)就緒型特性。”

  新特性

  NVIDIA Clara 為 MONAI 社區(qū)帶來了 AI 輔助注釋、聯(lián)邦學(xué)習(xí)和生產(chǎn)部署方面的最新突破。

  其最新版本為 AI 輔助注釋帶來了變革,使放射科醫(yī)生可使用名為 DeepGrow 3D 的新模型。借此僅需原來十分之一的點(diǎn)擊量,就能標(biāo)記復(fù)雜的 3D CT 數(shù)據(jù)。傳統(tǒng)的按圖像或切片對(duì)器官或病變進(jìn)行分割的方法非常耗時(shí),對(duì)于像肝臟這樣的大型器官,最多可能需要進(jìn)行 250 次點(diǎn)擊。而如今,用戶可以通過更少的點(diǎn)擊次數(shù)進(jìn)行分割。

  NVIDIA Clara 的 AI 輔助注釋工具和全新 DeepGrow 3D 功能可與 Fovia Ai 的 F.A.S.T. AI 注釋軟件相結(jié)合,用于標(biāo)記訓(xùn)練數(shù)據(jù),并協(xié)助放射科醫(yī)生讀片。Fovia 提供 XStream HDVR SDK 套件,可通過業(yè)界領(lǐng)先的 PACS 查看器來查看 DICOM 圖像。

  要想解鎖豐富的放射學(xué)數(shù)據(jù)集,AI 輔助注釋是關(guān)鍵。該技術(shù)最近還被用于標(biāo)記美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院癌癥影像檔案館發(fā)布的公共 COVID-19 CT 數(shù)據(jù)集。隨后,這一標(biāo)記數(shù)據(jù)集被用于 MICCAI 認(rèn)證的 COVID-19 肺部 CT 病變分割挑戰(zhàn)賽中。

  Clara 聯(lián)邦學(xué)習(xí)使全球 20 家醫(yī)院在近期得以開展合作研究,從而為 COVID-19 患者開發(fā)通用 AI 模型。EXAM 模型可預(yù)測(cè) COVID-19 患者的需氧量,其可通過 NGC 軟件注冊(cè)表獲取,并正在紐約西奈山衛(wèi)生系統(tǒng)、巴西 Diagnósticos da America SA、英國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院劍橋生物醫(yī)學(xué)研究中心和美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院中進(jìn)行臨床驗(yàn)證評(píng)估。

  斯坦福大學(xué)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)、放射學(xué)和醫(yī)學(xué)教授 Daniel Rubin 博士表示:“MONAI 軟件框架提供了用于訓(xùn)練和評(píng)估基于圖像的深度學(xué)習(xí)模型的關(guān)鍵組件,其開源的方式助力培育不斷壯大的社區(qū),為聯(lián)邦學(xué)習(xí)等令人振奮的進(jìn)步做出貢獻(xiàn)?!?/p>

  NVIDIA 還將 NVIDIA Clara 擴(kuò)展到數(shù)字病理學(xué)應(yīng)用。在這一領(lǐng)域,現(xiàn)有開源工具無法應(yīng)對(duì)巨大的圖像尺寸。用于病理學(xué)早期訪問的 Clara 包含針對(duì) AI 應(yīng)用訓(xùn)練和部署的參考管線。

  倫敦醫(yī)學(xué)成像和 AI 價(jià)值醫(yī)療中心首席技術(shù)官 Jorge Cardoso 表示:“醫(yī)療健康數(shù)據(jù)的互操作性、模型部署和臨床路徑集成是一個(gè)日益復(fù)雜并相互交織的話題,涉及特定領(lǐng)域的專業(yè)知識(shí)。MONAI 項(xiàng)目與 NVIDIA Clara 生態(tài)系統(tǒng)的其他部分相結(jié)合,有助于改善患者護(hù)理,優(yōu)化醫(yī)院運(yùn)營(yíng)?!?/p>


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