《電子技術(shù)應(yīng)用》
您所在的位置:首頁(yè) > 嵌入式技術(shù) > 設(shè)計(jì)應(yīng)用 > 基于K-均值聚類的神經(jīng)切片圖像功能束類型識(shí)別研究
基于K-均值聚類的神經(jīng)切片圖像功能束類型識(shí)別研究
來(lái)源:微型機(jī)與應(yīng)用2012年第3期
胡智魁1,唐 平1,張 毅2,陳松齡2,唐 鋮1
(1.廣東工業(yè)大學(xué) 自動(dòng)化學(xué)院,廣東 廣州 510006;2.中山大學(xué) 附屬第一醫(yī)院,廣東 廣州 5
摘要: 針對(duì)周圍神經(jīng)物理切片圖像中不同類型的神經(jīng)功能束染色后顯示出的特異性,提出了一種基于K-均值聚類的神經(jīng)切片染色圖像中神經(jīng)功能束類型識(shí)別的方法。首先通過(guò)特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為紋理特征,然后運(yùn)用本文算法對(duì)神經(jīng)切片染色圖像中的不同類型神經(jīng)功能束進(jìn)行聚類和識(shí)別。通過(guò)在人體周圍神經(jīng)組織切片圖像上的實(shí)驗(yàn)證明,該算法能對(duì)神經(jīng)切片染色圖像中的神經(jīng)功能束類型進(jìn)行有效分類識(shí)別。
Abstract:
Key words :

摘  要: 針對(duì)周圍神經(jīng)物理切片圖像中不同類型的神經(jīng)功能束染色后顯示出的特異性,提出了一種基于K-均值聚類神經(jīng)切片染色圖像中神經(jīng)功能束類型識(shí)別的方法。首先通過(guò)特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為紋理特征,然后運(yùn)用本文算法對(duì)神經(jīng)切片染色圖像中的不同類型神經(jīng)功能束進(jìn)行聚類和識(shí)別。通過(guò)在人體周圍神經(jīng)組織切片圖像上的實(shí)驗(yàn)證明,該算法能對(duì)神經(jīng)切片染色圖像中的神經(jīng)功能束類型進(jìn)行有效分類識(shí)別。
關(guān)鍵詞: 功能束識(shí)別;K-均值聚類;神經(jīng)切片染色圖像

 數(shù)字圖像處理在第三代計(jì)算機(jī)問(wèn)世后開(kāi)始迅速發(fā)展,目前,它已經(jīng)成為工程學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息科學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、物理、化學(xué)、生物學(xué)、醫(yī)學(xué)甚至社會(huì)科學(xué)等領(lǐng)域中各學(xué)科學(xué)習(xí)和研究的對(duì)象。數(shù)字圖像處理是一門與國(guó)計(jì)民生緊密相連的應(yīng)用科學(xué),已給人類帶來(lái)了巨大的經(jīng)濟(jì)和社會(huì)效益,在不久的將來(lái)它不僅在理論上會(huì)有更深入的發(fā)展,在應(yīng)用上亦會(huì)是科學(xué)研究、社會(huì)生產(chǎn)乃至人類生活中不可缺少的強(qiáng)有力工具[1]。數(shù)字圖像處理的飛速發(fā)展提供了平面圖像三維重建的可能。因此,結(jié)合數(shù)字圖像處理技術(shù)、解剖學(xué)技術(shù)以及組織學(xué)技術(shù),通過(guò)對(duì)平面圖像進(jìn)行三維重建,可以實(shí)現(xiàn)直觀而全面地顯示周圍神經(jīng)內(nèi)部功能束空間立體走行規(guī)律,從而有望成為提高周圍神經(jīng)損傷后治療效果的重要途徑。
 神經(jīng)的三維可視化技術(shù)主要由切片序列圖像配準(zhǔn)、神經(jīng)切片染色圖像邊緣提取、神經(jīng)內(nèi)部功能束類型識(shí)別和神經(jīng)內(nèi)部功能束三維重建等步驟組成。其中,功能束類型的識(shí)別是三維可視化的重點(diǎn)和難點(diǎn),其效果的好壞是最終三維可視化效果的決定因素之一。
 目前國(guó)內(nèi)外針對(duì)內(nèi)部功能束類型識(shí)別方面的研究主要集中在根據(jù)功能束區(qū)域受染色程度的不同導(dǎo)致的圖像灰度值的不同來(lái)判斷。神經(jīng)功能束類型識(shí)別比較先進(jìn)的方法就是采用顯微喇曼光譜技術(shù)對(duì)周圍神經(jīng)束進(jìn)行特異結(jié)構(gòu)的研究和分析,獲得神經(jīng)內(nèi)部運(yùn)動(dòng)功能束和感覺(jué)功能束的特異性,這種特異性在組織中是恒定的,但喇曼光譜的識(shí)別還基本都是采用人工方式進(jìn)行的,尚無(wú)有關(guān)自動(dòng)識(shí)別的文獻(xiàn),有待更深一步的研究[2]。由于現(xiàn)有的醫(yī)學(xué)三維重建軟件Amira[3]或者M(jìn)imics[4]僅能識(shí)別灰度對(duì)比強(qiáng)烈的數(shù)據(jù),而周圍神經(jīng)乙酰膽堿酯酶染色的不同類型功能束灰度對(duì)比度較低,因此目前的醫(yī)學(xué)圖像三維重建軟件還不能基于染色結(jié)果對(duì)不同類型的功能束進(jìn)行準(zhǔn)確的自動(dòng)識(shí)別,需要人工主觀地一張一張地區(qū)分功能束,并且需在高質(zhì)量的切片條件下完成,工作量很大,大大降低了工作效率。利用計(jì)算機(jī)圖像圖形技術(shù)實(shí)現(xiàn)其內(nèi)部功能束的三維重建,可實(shí)現(xiàn)對(duì)周圍神經(jīng)功能束的定性分析和精確定位,做到相同類型的神經(jīng)功能束組準(zhǔn)確對(duì)接,提高神經(jīng)修復(fù)的效果。
本文旨在對(duì)周圍神經(jīng)功能束類型自動(dòng)識(shí)別方面進(jìn)行一定的探索和研究,首先通過(guò)對(duì)圖像進(jìn)行預(yù)處理使其方便后期處理,接著通過(guò)特征分析與提取決定以灰度均值μ和方差σ2作為識(shí)別神經(jīng)功能束類型的評(píng)價(jià)參量,然后基于K-均值聚類算法實(shí)現(xiàn)對(duì)醫(yī)學(xué)神經(jīng)切片染色圖像不同神經(jīng)功能束類型的自動(dòng)識(shí)別,進(jìn)而大大降低功能束識(shí)別的工作量,提高工作效率,為進(jìn)一步的醫(yī)學(xué)圖像三維重建提供條件基礎(chǔ)。
1 特征提取與分析
 醫(yī)學(xué)圖像內(nèi)容屬性大多直接采用低層的圖像特征描述,如顏色特征、紋理特征、形狀特征等。提取出有效的醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)特征決定著圖像識(shí)別的成敗。
由于神經(jīng)圖像中神經(jīng)功能束的形狀沒(méi)有一定的特征規(guī)律,同類型的神經(jīng)功能束可以是各種不同的形狀,因此不把形狀特征作為評(píng)價(jià)參量。而不同類型的神經(jīng)功能束之間的顏色特征差異度太小,也不能用來(lái)作為有效的評(píng)價(jià)參量。因此紋理特征的選擇將會(huì)直接影響到后期的識(shí)別結(jié)果。
有很多描述紋理的參量,本文基于圖像的灰度直方圖的以下紋理特征進(jìn)行計(jì)算:
?。?)均值。它反映的是一幅圖像的平均灰度值。


 雖然傳統(tǒng)的K-均值是一個(gè)極其高效的聚類算法,但是它也存在著各種問(wèn)題:(1)K-均值算法只能保證能收斂到某個(gè)解決方案,而不能保證能找到定位聚類中心的最佳方案;(2)K-均值算法無(wú)法指出應(yīng)該使用多少個(gè)類別,在同一個(gè)數(shù)據(jù)集中,選擇不同的類別數(shù),必將導(dǎo)致結(jié)果輸出的不同,甚至有可能不合理。在K-均值中,每個(gè)聚類中心擁有它的數(shù)據(jù)點(diǎn),計(jì)算這些點(diǎn)的方差,最好的聚類結(jié)果是在不引起太大的復(fù)雜度的情況下使方差達(dá)到最小。
 針對(duì)以上兩個(gè)問(wèn)題,本文采用如下解決方法。
?。?)中心點(diǎn)最小方差法
因?yàn)槊看芜\(yùn)行K-均值聚類算法時(shí)的中心點(diǎn)是隨機(jī)選取的,所以每次初始的聚類中心點(diǎn)都不一樣,通過(guò)多運(yùn)行幾次K-均值,得到幾個(gè)不同的聚類結(jié)果,然后從中選擇方差最小的那個(gè)結(jié)果。
?。?)類別數(shù)增量設(shè)置法
 首先將類別數(shù)設(shè)為1,然后根據(jù)聚類效果重新修正,可以在原先規(guī)定的類別數(shù)的基礎(chǔ)上加1或減1[7],每次聚類的時(shí)候使用前面提到的中心點(diǎn)最小方差法。一般情況下,總方差會(huì)很快下降,直到到達(dá)一個(gè)拐點(diǎn),這意味著再加一個(gè)新的聚類中心不會(huì)顯著地減少總方差。在拐點(diǎn)處停止,保存此時(shí)的類別數(shù)。
 以lena圖像為例加以說(shuō)明。圖2(a)為原始圖像灰度圖。圖2(b)為類別數(shù)設(shè)為1的效果圖,此時(shí)的中心點(diǎn)的像素值為60;由于效果不好,因此把類別數(shù)提高到2,效果明顯好于類別數(shù)為1時(shí)的效果,如圖2(c)所示,此時(shí)兩個(gè)中心點(diǎn)的像素值分別為60、180;繼續(xù)增加類別數(shù)到3,此時(shí)的聚類中心點(diǎn)像素值分別為60、100、180,效果如圖2(d)所示,聚類效果基本實(shí)現(xiàn)。具體算法實(shí)現(xiàn)流程圖如圖3所示。


3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析

 


 對(duì)本文算法在Matlab7.1平臺(tái)下進(jìn)行程序?qū)崿F(xiàn),在操作系統(tǒng)為Windows XP SP3、處理器為AMD Athlon(tm) 64 X2 Dual的環(huán)境下運(yùn)行。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖4~圖10所示。由于不同性質(zhì)功能類型的神經(jīng)功能束在經(jīng)過(guò)乙酰膽堿酯酶組化法及HE染色法等單獨(dú)染色和組合套染的受染的程度是不同的,如運(yùn)動(dòng)型神經(jīng)功能束與感覺(jué)型神經(jīng)功能束的受染程度就是有明顯差別,從圖5中的灰度直方圖中也可以清晰地看到這一點(diǎn),而這一點(diǎn)也是醫(yī)生人工判別功能束類型的一個(gè)重要依據(jù),因此采用基于像素點(diǎn)的空間位置和灰度值對(duì)圖像進(jìn)行聚類。對(duì)神經(jīng)切片染色圖像進(jìn)行聚類處理,可以非常直觀地看出,通過(guò)設(shè)置不同的灰度通道可以識(shí)別功能束的類型,并與醫(yī)生通過(guò)肉眼人工判別的神經(jīng)切片中功能束類型進(jìn)行比照??偣?43張的人體周圍神經(jīng)切片染色圖像全部由某醫(yī)院提供,運(yùn)用本文算法可以成功地進(jìn)行神經(jīng)功能束自動(dòng)識(shí)別的圖片有217張,成功率為63.2%。

 通過(guò)多次運(yùn)行K-均值算法發(fā)現(xiàn),最佳聚類數(shù)為3,圖像背景作為一類,運(yùn)動(dòng)型功能束作為一類,感覺(jué)型功能束作為一類,這與圖10所示的人工識(shí)別的神經(jīng)切片圖像結(jié)果一致。聚類完成后得到3個(gè)聚類中心的灰度值,基于這3個(gè)灰度值劃分3個(gè)灰度范圍并把這3個(gè)灰度范圍的像素點(diǎn)的灰度值歸一化。以聚類后灰度直方圖(如圖7所示)對(duì)比原始圖像灰度直方圖(如圖5所示)為例,聚類完成后3個(gè)聚類中心點(diǎn)的灰度值分別為95.4、143.9、175.6,把灰度值在(0,95.4)范圍內(nèi)的像素點(diǎn)的灰度值統(tǒng)一設(shè)置為10,同時(shí),這一類像素點(diǎn)將被設(shè)置為一類;范圍在(95.4,143.9)內(nèi)的像素點(diǎn)的灰度值設(shè)置為138,同時(shí)這些像素點(diǎn)被設(shè)置為另一類;范圍在(143.9,255]內(nèi)的像素點(diǎn)的灰度值設(shè)置為245,這一類是背景區(qū)域。原則上設(shè)置的灰度數(shù)據(jù)對(duì)比應(yīng)該越強(qiáng)烈越好。
 造成部分圖像不能成功自動(dòng)進(jìn)行聚類識(shí)別的原因是:(1)神經(jīng)切片染色圖像過(guò)于復(fù)雜,難以提取到更多作為識(shí)別功能束類型的有效特征;(2)部分圖片受染效果不好;(3)圖片制備過(guò)程中形成的不可避免的人工操作誤差,造成計(jì)算機(jī)難以自動(dòng)識(shí)別功能束類型,只有通過(guò)醫(yī)生的經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行人工判斷。
因?yàn)镵-均值聚類算法是一種貪心算法,貪心算法并不一定能得到全局最優(yōu)解,往往會(huì)陷入局部最優(yōu),而且K-均值聚類算法對(duì)初始化的類別數(shù)K和初始聚類中心具有很大的敏感性,所以本文采用多次運(yùn)行K均值得到多個(gè)聚類結(jié)果,選擇方差最小的那個(gè)結(jié)果的方法進(jìn)行改進(jìn)。如何改進(jìn)算法中存在的以上問(wèn)題以提高算法的效率,以及如何從醫(yī)學(xué)圖像中提取到更多能描繪圖像信息的特征從而得到最佳識(shí)別效果,將是下一步亟待解決的問(wèn)題。
參考文獻(xiàn)
[1] 阮秋琦.數(shù)字圖像處理學(xué)[M].北京:電子工業(yè)出版社,2000.
[2] 王虎,李學(xué)東,杜世新,等.微區(qū)喇曼光譜法區(qū)分周圍神經(jīng)束[J].中國(guó)神經(jīng)再生研究,2006(8):104-106.
[3] CASPI O, LESMAN A, BASEVITCH Y, et al. Tissue engineering of vascularized cardiac muscle from human embryonic stem cells[J]. Circulation research, 2007, 100(2):263-272.
[4] JOVANOVIC-TALISMAN T, TETENBAUM-NOVATT J, MCKENNEY A S, et al. Artificial nanopores that mimic the transport selectivity of the nuclear pore complex[J]. Biophysical Journal, 2009, 96(3S1): 545-545.
[5] 岡薩雷斯.?dāng)?shù)字圖像處理:MATLAB版[M].阮秋琦,譯.北京:電子工業(yè)出版社,2006.
[6] 李弼程,彭天強(qiáng),彭波,等.智能圖像處理技術(shù)[M].北京:電子工業(yè)出版社,2004.
[7] 賁志偉,趙勛杰.基于改進(jìn)的K均值聚類算法提取彩色圖像有意義區(qū)域[J].計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件,2010,27(9):11-13.

此內(nèi)容為AET網(wǎng)站原創(chuàng),未經(jīng)授權(quán)禁止轉(zhuǎn)載。