過去的6年是精準(zhǔn)醫(yī)療蓬勃發(fā)展的黃金期?;谛乱淮驕y序技術(shù)(NGS)的基因檢測技術(shù)為臨床分子檢測帶來了革命性的變化?;驒z測正在成為從科研到臨床不可缺失的一部分。但目前大多數(shù)醫(yī)院的信息化系統(tǒng)中,由于種種原因,并沒有包含完整的基因檢測數(shù)據(jù)。這就使得臨床精準(zhǔn)診療的數(shù)據(jù)源出現(xiàn)了空缺,而只有將基因數(shù)據(jù)真正與臨床數(shù)據(jù)融為一體,才能得到真正可用于精準(zhǔn)醫(yī)療的大數(shù)據(jù)。
狹義的精準(zhǔn)醫(yī)療包含了精準(zhǔn)檢測和精準(zhǔn)治療。作為精準(zhǔn)檢測的核心組成部分,基因測序的發(fā)展使得精準(zhǔn)醫(yī)療邁出了跨時(shí)代的一大步。以腫瘤靶向治療為例,并不是所有的腫瘤患者對某一款靶向藥物都有應(yīng)答,患者在用藥前通常需要接受一次靶向藥物伴隨診斷,讓患者得以在用藥前就進(jìn)行一次初步預(yù)判。
當(dāng)然在這個過程中受益的不僅僅是腫瘤患者,醫(yī)院的診療信息一直是藥物研發(fā)的重要支撐,基因大數(shù)據(jù)加持下的醫(yī)療數(shù)據(jù)會使得藥企的藥物研發(fā)變得更加精準(zhǔn)。
一方面,臨床診療方面精準(zhǔn)度的提升,終將推動醫(yī)院的臨床決策的質(zhì)量。越來越多的醫(yī)院把基因數(shù)據(jù)納入臨床診療的依據(jù)。從2010年至今,臨床級基因檢測出現(xiàn)了爆發(fā)式增長,各醫(yī)療機(jī)構(gòu)以及院外的第三方檢測機(jī)構(gòu)積累了海量的基因數(shù)據(jù)?;驒z測在臨床上已經(jīng)為各類患者提供了真實(shí)有效的輔助診斷和用藥指導(dǎo)。
但在另一方面,在臨床中不乏出現(xiàn)基因檢測顯示可以使用某靶向藥,但服用后卻沒有任何效果用藥有效性問題的案例?;驕y序在臨床的滲透越深,人們就越發(fā)地意識到基因與表型對應(yīng)關(guān)系的復(fù)雜性。越來越清晰的認(rèn)知是,精準(zhǔn)檢測的組成不應(yīng)當(dāng)單單只是基因檢測,基于各種臨床和基因的醫(yī)療信息的整合,必將推動醫(yī)療行業(yè)更加快速地進(jìn)入精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代。
在臨床組學(xué)與基因組學(xué)數(shù)據(jù)處理的探索隊(duì)伍中,醫(yī)基云是獨(dú)特的存在。在基因信息融入臨床診療的關(guān)鍵歷史節(jié)點(diǎn),醫(yī)基云建立了臨床和基因數(shù)據(jù)處理的智慧醫(yī)療平臺,致力于回饋臨床診療。
進(jìn)行基因數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)處理的最終目的是為臨床診療提供精準(zhǔn)支撐。也就是說,不論是基因數(shù)據(jù)還是臨床數(shù)據(jù),這些最后的形式并不是獨(dú)立存在,而是將成為醫(yī)療大數(shù)據(jù)的一部分。在這個多維度的數(shù)據(jù)中,很大一部分基因數(shù)據(jù)將來自第三方檢測機(jī)構(gòu),但臨床數(shù)據(jù)一定來自院內(nèi)。
在多年信息化的推動下,醫(yī)療機(jī)構(gòu)的臨床系統(tǒng)積累的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化程度比較高。但在現(xiàn)階段,基因數(shù)據(jù)來自醫(yī)院外,系統(tǒng)多種多樣,數(shù)據(jù)處理標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一,數(shù)據(jù)質(zhì)量各種各樣,這就造成了基因數(shù)據(jù)的多元異構(gòu)化。
“這使得由基因數(shù)據(jù)出發(fā)來處理臨床數(shù)據(jù)的路徑變得非常困難。”何博士告訴動脈網(wǎng)。且不說數(shù)據(jù)質(zhì)量問題,目前基因突變與疾病之間的對應(yīng)關(guān)系也并不十分明確,這些因素進(jìn)一步增加了通過基因數(shù)據(jù)處理臨床表型數(shù)據(jù)的難度?;诙嗄甑墓ぷ鹘?jīng)驗(yàn),在他看來,從醫(yī)療機(jī)構(gòu)已有的臨床數(shù)據(jù)平臺出發(fā),基于院內(nèi)數(shù)據(jù)處理院外的生物樣本庫和基因數(shù)據(jù)是比較有效的路徑。這也是醫(yī)基云與其他同類項(xiàng)目的最大的區(qū)別。
相比其他數(shù)據(jù),基因數(shù)據(jù)是比較“年輕”的存在,無論是數(shù)據(jù)規(guī)范還是數(shù)據(jù)質(zhì)量,都有所欠缺。何博士強(qiáng)調(diào),涉及到這類數(shù)據(jù)的處理,第一步必須去偽存真。數(shù)據(jù)規(guī)范化處理后,才能進(jìn)行下一步的應(yīng)用?!斑@個工作就好比是修高速公路,做的是基礎(chǔ)工作,但需要很大的人力和資源的投入?!彼@樣比喻。
數(shù)據(jù)清洗后,下一步就是價(jià)值的挖掘與分析?;蚺c疾病之間存在一定的對應(yīng)關(guān)系,但臨床表型并不只接受基因的調(diào)控。生活環(huán)境、飲食結(jié)構(gòu)、生活習(xí)慣、社會經(jīng)濟(jì)條件都會影響最終的臨床表型。因此,將患者疾病史、日常習(xí)慣等數(shù)據(jù)與基因信息的結(jié)合,就有可能對疾病的影響因素有更多的發(fā)現(xiàn)。
但各組學(xué)間的信息的關(guān)系非常復(fù)雜,且數(shù)據(jù)量級龐大。要對這些信息進(jìn)行進(jìn)一步的挖掘和分析,是人力幾乎不可能完成的任務(wù)。因此,要進(jìn)行大規(guī)模的處理,必須依靠人工智能的力量?!斑@是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展到這個階段的需求?!焙涡萝姴┦勘硎?。在這個過程中,醫(yī)基云將技術(shù)平臺與人工智能技術(shù)結(jié)合起來,依靠深度學(xué)習(xí)與算法的力量對醫(yī)療大數(shù)據(jù)的深層價(jià)值進(jìn)行挖掘。
醫(yī)基云的定位是通過深度處理來沉淀臨床信息,最終為醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供支撐,實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)診斷和治療?;趯蚝团R床數(shù)據(jù)的深度挖掘,不僅能為醫(yī)院的診療提供更多證據(jù),還能在臨床科研中給到研究人員更深度、更真實(shí)的科研靈感,幫助醫(yī)生在臨床科研中取得具有更具行業(yè)影響力的成果。
同時(shí),醫(yī)療大數(shù)據(jù)也能夠支持藥廠的藥物研發(fā)。目前很多靶向藥物研發(fā)是圍繞基因突變的靶標(biāo)進(jìn)行的。但正如前文所提,臨床上不乏有基因檢測結(jié)果顯示存在突變,但服藥無效的案例。深層次的信息挖掘能夠?qū)@一現(xiàn)象解釋,從而進(jìn)一步指導(dǎo)臨床用藥和藥企的藥物研發(fā),精準(zhǔn)醫(yī)療的精準(zhǔn)程度將進(jìn)一步得到提升。
“腫瘤靶向治療離開基因檢測是不成立的,靶向治療需要有伴隨診斷?!焙尾┦勘硎荆霸和鈾z測獲取的基因信息多局限于樣本,在那個基礎(chǔ)上做外延非常難。”精準(zhǔn)診斷不僅僅包含基因信息,還需要考慮臨床表征、疾病史等維度。在醫(yī)基云的團(tuán)隊(duì)中,不僅包含了生物信息、前后端,還有相當(dāng)一部分醫(yī)學(xué)背景的成員。何博士認(rèn)為,基因與臨床數(shù)據(jù)的處理是個跨學(xué)科工程,只有跨學(xué)科背景的團(tuán)隊(duì)才能對市場需求和產(chǎn)品有更好的理解。
通過對此前醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺的分析,何博士認(rèn)為醫(yī)基云的最終產(chǎn)品應(yīng)該作為一個工具而存在,幫助醫(yī)院進(jìn)行數(shù)據(jù)的清洗等。時(shí)間越久,這些信息所釋放的能量也就越大。據(jù)了解,目前醫(yī)基云已經(jīng)完成了底層平臺的開發(fā),正式進(jìn)入部分國內(nèi)一流醫(yī)院開始信息處理工作。在可預(yù)見的未來里,基因數(shù)據(jù)融入臨床將成為趨勢,而基于對行業(yè)的理解和在數(shù)據(jù)挖掘上的優(yōu)勢,醫(yī)基云已經(jīng)邁出了一大步。