《電子技術(shù)應(yīng)用》
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一種面向地震數(shù)據(jù)的兩級(jí)索引
2015年微型機(jī)與應(yīng)用第18期
谷文彥,李 俊,潘昌森
(中國科學(xué)技術(shù)大學(xué) 自動(dòng)化系,安徽 合肥 230026)
摘要: 地震數(shù)據(jù)處理中的數(shù)據(jù)讀取具有塊小量大的特點(diǎn),常規(guī)磁盤所用的數(shù)據(jù)讀取方式,其處理速度緩慢。設(shè)計(jì)了一種基于FastDFS的分布式地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)。該系統(tǒng)將數(shù)據(jù)分塊存儲(chǔ)在硬盤上,在FastDFS中建立基于炮號(hào)和道號(hào)的兩級(jí)索引結(jié)構(gòu),并選取Trie樹作為一級(jí)索引,AVL樹或紅黑樹作為二級(jí)索引,提高了系統(tǒng)讀取速度。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)減少了相應(yīng)的查詢響應(yīng)時(shí)間,提高了系統(tǒng)存取性能。
Abstract:
Key words :

  摘  要地震數(shù)據(jù)處理中的數(shù)據(jù)讀取具有塊小量大的特點(diǎn),常規(guī)磁盤所用的數(shù)據(jù)讀取方式,其處理速度緩慢。設(shè)計(jì)了一種基于FastDFS的分布式地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)。該系統(tǒng)將數(shù)據(jù)分塊存儲(chǔ)在硬盤上,在FastDFS中建立基于炮號(hào)和道號(hào)的兩級(jí)索引結(jié)構(gòu),并選取Trie樹作為一級(jí)索引,AVL樹紅黑樹作為二級(jí)索引,提高了系統(tǒng)讀取速度。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)減少了相應(yīng)的查詢響應(yīng)時(shí)間,提高了系統(tǒng)存取性能。

  關(guān)鍵詞: 地震數(shù)據(jù);兩級(jí)索引;Trie樹;紅黑樹;AVL樹

0 引言

  隨著地震勘探技術(shù)快速發(fā)展,地震數(shù)據(jù)規(guī)模不斷增加。數(shù)據(jù)顯示,地震道集數(shù)按每三年翻一番的速度增長,2014年單文件已經(jīng)突破16 000道[1-2],這些數(shù)據(jù)量一般在TB甚至PB級(jí)別。當(dāng)今PC集群的計(jì)算性能有了很大提高,但相應(yīng)的集群存儲(chǔ)相對(duì)滯后,地震數(shù)據(jù)存取效率越來越成為地震資料處理的瓶頸。采用共享網(wǎng)絡(luò)文件系統(tǒng)NFS存取地震數(shù)據(jù),制約了海量地震數(shù)據(jù)存取的效率[3]。并行文件系統(tǒng)Lustre[4]在存取地震數(shù)據(jù)I/O性能上優(yōu)于NFS[3],它采用RAID存儲(chǔ)數(shù)據(jù),擁有高性能的順序讀取效率,但每次需要讀取整個(gè)條帶的數(shù)據(jù),隨機(jī)讀取效率低。

  地震數(shù)據(jù)處理程序請(qǐng)求的數(shù)據(jù)不一定連續(xù)存儲(chǔ)在文件中。處理程序在隨機(jī)請(qǐng)求數(shù)據(jù)時(shí)只需要文件中的若干道數(shù)據(jù),卻要讀取整個(gè)文件,讀取效率就會(huì)很低。為此,本文提出一種快速存取地震數(shù)據(jù)的方法,該方法將地震文件的數(shù)據(jù)分塊存儲(chǔ),并建立以炮號(hào)和道號(hào)為關(guān)鍵字的兩級(jí)索引結(jié)構(gòu)。通過實(shí)驗(yàn)表明,加入索引后,在滿足存取需求的同時(shí),減少了查詢時(shí)間和數(shù)據(jù)傳輸開銷,提高了系統(tǒng)的存取效率。

1 地震數(shù)據(jù)

  1.1 地震數(shù)據(jù)格式

  勘探地球物理協(xié)會(huì)(Society of Exploration Geophysicists,SEG)制定的SEGY地震數(shù)據(jù)格式是最常用的數(shù)據(jù)格式,SEGY文件結(jié)構(gòu)如圖1所示。

001.jpg

  標(biāo)準(zhǔn)的SEGY格式包括3個(gè)部分:(1)3 200 B的EBCDIC文件頭,保存一些地震數(shù)據(jù)整體性的描述信息;(2)400 B的二進(jìn)制頭文件,用來保存描述SEGY文件的信息,如文件數(shù)據(jù)格式、采樣點(diǎn)數(shù)目、采樣時(shí)間、測(cè)量單位等;(3)實(shí)際地震勘探數(shù)據(jù),每道數(shù)據(jù)前面會(huì)有240 B的道頭信息,保存該道數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的位置坐標(biāo)、采樣點(diǎn)數(shù)、炮號(hào)、道號(hào)等信息。

  1.2 數(shù)據(jù)格式的改進(jìn)

  地震數(shù)據(jù)道頭主要是記錄道的信息,對(duì)用戶分析數(shù)據(jù)沒有作用,每次讀取地震數(shù)據(jù)還要把道頭數(shù)據(jù)也讀出來,效率很低。本文將道頭和數(shù)據(jù)體分開存儲(chǔ),并在兩者之間加入關(guān)鍵字索引信息。用戶每次讀取數(shù)據(jù),只要指定數(shù)據(jù)關(guān)鍵字,就可以通過索引查找到該數(shù)據(jù)存放的具體位置。這種方式下用戶每次讀的有效數(shù)據(jù)增多,效率有所改善。

2 兩級(jí)索引結(jié)構(gòu)

  2.1 FastDFS介紹及兩級(jí)索引結(jié)構(gòu)

  FastDFS充分考慮了冗余備份、負(fù)載均衡、線性擴(kuò)容等機(jī)制,解決了大容量存儲(chǔ)、高并發(fā)訪問等問題。與現(xiàn)有的類Google FS相比,F(xiàn)astDFS的架構(gòu)和設(shè)計(jì)的獨(dú)到之處體現(xiàn)在輕量級(jí)、分組方式和對(duì)等結(jié)構(gòu)[5]。跟蹤器(Tracker)作為中心節(jié)點(diǎn),提供負(fù)載均衡和任務(wù)調(diào)度;存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)(Storage)則直接利用文件系統(tǒng)存儲(chǔ)文件。FastDFS不對(duì)文件進(jìn)行分塊存儲(chǔ),上傳文件時(shí),文件ID由存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)生成并返回給客戶端,文件ID中包含文件所在組名、相對(duì)路徑和文件名。存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)可以直接根據(jù)文件名ID來定位數(shù)據(jù)。因此FastDFS中不需要存儲(chǔ)索引信息。

  本系統(tǒng)為支持順序讀取和隨機(jī)讀取地震道數(shù)據(jù),對(duì)SEGY文件格式進(jìn)行改進(jìn),將道頭和數(shù)據(jù)塊分開存儲(chǔ),在兩者之間建立二級(jí)索引。考慮到跟蹤器負(fù)責(zé)管理數(shù)據(jù),因此將數(shù)據(jù)塊的位置信息存儲(chǔ)在跟蹤器上,客戶端讀數(shù)據(jù)時(shí),可以根據(jù)跟蹤器上存儲(chǔ)的信息直接找到存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn),而跟蹤器上的信息就是本文提出的一級(jí)索引。綜上所述,兩級(jí)索引中一級(jí)索引記錄數(shù)據(jù)塊所在存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)號(hào),二級(jí)索引記錄數(shù)據(jù)塊具體位置。系統(tǒng)框架如圖2所示。

002.jpg

  2.2 I/O操作流程

 ?。?)寫數(shù)據(jù)

  Client寫數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)頭中包含炮號(hào)、起始和終止道號(hào)及數(shù)據(jù)塊大小等信息,以便跟蹤器和存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)構(gòu)建索引。寫數(shù)據(jù)塊過程中同一炮號(hào)不同塊的數(shù)據(jù)分布在不同的卷組內(nèi),以實(shí)現(xiàn)負(fù)載均衡。寫數(shù)據(jù)前Client向跟蹤器詢問可存儲(chǔ)新數(shù)據(jù)塊的存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn),數(shù)據(jù)寫入存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)后,該存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)會(huì)根據(jù)數(shù)據(jù)塊信息(數(shù)據(jù)塊所屬的炮號(hào)、起始道號(hào)、終止道號(hào))和位置信息構(gòu)建二級(jí)索引。跟蹤器會(huì)根據(jù)存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)報(bào)告的信息構(gòu)建一級(jí)索引,流程如圖3所示。

003.jpg

 ?。?)讀數(shù)據(jù)

  Client從存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)讀數(shù)據(jù)時(shí),命令需要包含炮號(hào)、起始和終止道號(hào)。Client首先查詢跟蹤器上的一級(jí)索引,找到數(shù)據(jù)塊所在的存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn),然后Client向該存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)讀數(shù)據(jù),存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)則根據(jù)二級(jí)索引查詢數(shù)據(jù)具體位置,并讀出數(shù)據(jù)返回給Client。讀數(shù)據(jù)流程如圖4所示。

004.jpg

3 兩級(jí)索引實(shí)現(xiàn)

  3.1 一級(jí)索引

  存儲(chǔ)采用共炮存儲(chǔ),即同一炮的多道數(shù)據(jù)合并后作為一個(gè)數(shù)據(jù)塊存儲(chǔ)在存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)上,數(shù)據(jù)塊名格式為:炮號(hào)_起始道號(hào)_終止道號(hào),且以此數(shù)據(jù)塊名形成的字符串作為一級(jí)索引的key值,value值是該數(shù)據(jù)塊所在存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)的信息。用戶要查詢第100炮的第0~99道的數(shù)據(jù),就會(huì)首先生成100_0_99這個(gè)字符串,然后去一級(jí)索引中查找,返回存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)。

  一級(jí)索引采用Trie樹,Trie樹利用字符串的公共前綴來降低查詢時(shí)間以達(dá)到提高效率的目的。Trie樹的插入、刪除和查找都很簡(jiǎn)單,用一個(gè)循環(huán)就可以解決,第i次循環(huán)找到前i個(gè)字符。以靜態(tài)開辟個(gè)數(shù)組來實(shí)現(xiàn)這棵字符樹,本文每個(gè)節(jié)點(diǎn)的子節(jié)點(diǎn)有11種情況(0~9和_),需要對(duì)每個(gè)節(jié)點(diǎn)開辟一個(gè)大小為11的數(shù)組。

  3.2 二級(jí)索引

  紅黑樹[6]在每個(gè)節(jié)點(diǎn)上增加一個(gè)顏色位,可以是Red或Black,通過限制從根到葉子路徑中各節(jié)點(diǎn)著色方式來維持平衡,有4種平衡方法[7]。紅黑樹正是用這種非嚴(yán)格的平衡來換取增刪節(jié)點(diǎn)時(shí)旋轉(zhuǎn)次數(shù)的降低,性能比普通二叉樹高。

  參考文獻(xiàn)[8]中說明當(dāng)操作僅限于插入和檢索時(shí)AVL樹是平衡二叉搜索樹中最有效的方法,在查找和排序上有很重要的應(yīng)用。AVL樹左右子樹高度差超過1,會(huì)被認(rèn)為是不平衡的,由于AVL樹的這種平衡條件,使樹的深度不會(huì)過深。參考文獻(xiàn)[9]、[10]中闡述了可能導(dǎo)致AVL樹失去平衡的4種可能,及相應(yīng)的4種旋轉(zhuǎn)方法。

  Client查到存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)后通過炮號(hào)、起始道號(hào)向該存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)查尋二級(jí)索引,找數(shù)據(jù)具體位置。

  本文分別采用紅黑樹和AVL樹作為二級(jí)索引,力求尋找一個(gè)性能更佳的二級(jí)索引結(jié)構(gòu)。通過炮號(hào)及道號(hào)來唯一標(biāo)識(shí)數(shù)據(jù)塊,于是本文把炮號(hào)和起始道號(hào)組成的聯(lián)合體組合成一個(gè)唯一長整形數(shù),代碼如下。以此作為該二級(jí)索引key值,對(duì)應(yīng)的value值為該數(shù)據(jù)塊的位置信息。

  二級(jí)索引關(guān)鍵字結(jié)構(gòu)代碼:

  typedef  union

  {

  struct

  {

  int shot_no;//炮號(hào)

  int begin_receiver_no;//起始道號(hào)

  }combine_no;

  long long index_key;

  }StorageIndexKey_t;

4 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果

  4.1 實(shí)驗(yàn)環(huán)境

  本實(shí)驗(yàn)集群由5臺(tái)服務(wù)器組成,1臺(tái)client、1臺(tái)跟蹤器和3臺(tái)存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)。每臺(tái)服務(wù)器CPU均為2.33 GHz,內(nèi)存為4 GB,操作系統(tǒng)是CentOS6.4。

  4.2 實(shí)驗(yàn)和結(jié)果

  本文提出的地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)是基于FastDFS修改而來的。一級(jí)索引采用Trie樹,二級(jí)索引加入AVL樹的版本命名為AVLFS,加入紅黑樹的版本命名為RBFS。每道數(shù)據(jù)32 KB,將100道數(shù)據(jù)作為一個(gè)數(shù)據(jù)塊。采用以下兩種方法進(jìn)行測(cè)試:(1)寫入相同數(shù)據(jù)塊,測(cè)試讀取速度隨著讀的有效數(shù)據(jù)大小變化的關(guān)系;(2)讀取有效數(shù)據(jù)一定,測(cè)試速度隨著寫入數(shù)據(jù)量變化的關(guān)系。

  實(shí)驗(yàn)1 寫入200炮的數(shù)據(jù),每炮100個(gè)數(shù)據(jù)塊,一共20 000個(gè)數(shù)據(jù)塊。讀取分布在不同數(shù)據(jù)塊中的道,測(cè)試結(jié)果如圖5所示。

005.jpg

  實(shí)驗(yàn)2 讀取8 000道地震數(shù)據(jù),這8 000道數(shù)據(jù)分布在不同數(shù)據(jù)塊,結(jié)果如圖6所示。

  圖5顯示,與FastDFS相比,加入兩級(jí)索引的地震數(shù)據(jù)存取系統(tǒng)在隨機(jī)讀的速度上有了8~10倍的提升,隨著數(shù)據(jù)塊請(qǐng)求數(shù)的增加,速度也有所提升,這是由于多磁盤并發(fā)讀取使得速度有所增加。圖6中隨著寫數(shù)據(jù)塊個(gè)數(shù)的增多讀取速度幾乎沒有影響,這說明索引性能沒有隨著寫數(shù)據(jù)塊個(gè)數(shù)增加而降低。通過圖5、圖6,還可得出二級(jí)索引采用AVL樹在讀取速度上優(yōu)于紅黑樹,主要是AVL樹比紅黑樹更加平衡,查詢效率更快。

5 結(jié)論

  本文提出一種能夠快速存取地震數(shù)據(jù)的方法,該方法將數(shù)據(jù)分塊存儲(chǔ),并建立兩級(jí)索引結(jié)構(gòu)。實(shí)驗(yàn)表明,加入兩級(jí)索引后滿足了對(duì)地震數(shù)據(jù)隨機(jī)讀取的要求,同時(shí)減少了查詢時(shí)間和數(shù)據(jù)傳輸開銷,系統(tǒng)讀取速度有很大提高。針對(duì)查詢操作,AVL樹優(yōu)于紅黑樹索引,而地震數(shù)據(jù)存取就是一次存儲(chǔ),多次讀取,故本系統(tǒng)最終選擇AVL樹作為二級(jí)索引。本文后續(xù)工作將會(huì)對(duì)兩級(jí)索引進(jìn)行進(jìn)一步優(yōu)化。

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